学校于2018年实施了《长春中医药大学重点学科建设提升计划》，经过三年的发展建设，各学科均取得了显著的建设成效。2021年5月，学校开展了重点学科提升计划学科验收考核和新一轮重点学科申报遴选工作。各重点学科均按预设目标完成了建设任务，通过了学校的验收，取得了显著建设成效。新一轮重点学科建设提升计划学科建设层次在原有优势学科、特色学科和培育学科三个基础上增设第四个建设层次—扶持学科，数量由原来的27个增加至34个，其中优势学科11个，特色学科10个，培育学科9个，扶持学科4个。

近年来，学校以学科建设为龙头，持续加大学科投入，学校每年根据不同层次给予学科基础建设经费，以学科发展问题为导向，以项目建设为牵引，以建设促优化，以整合促发展，全面加强学科建设，不断提升学校核心竞争力。